Từ 1/1/2026: Mua bán nông, lâm, thủy sản chưa chế biến giữa doanh nghiệp không phải kê khai, nộp thuế GTGT

Điểm mới đáng chú ý của Nghị định là không yêu cầu kê khai, tính nộp thuế GTGT đối với hoạt động mua bán nông, lâm, thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường giữa các doanh nghiệp, đồng thời vẫn cho phép khấu trừ thuế GTGT đầu vào, qua đó tháo gỡ vướng mắc cho doanh nghiệp.

Không phải kê khai, nộp thuế nhưng vẫn được khấu trừ đầu vào

Tại Nghị định số 359/2025/NĐ-CP, Chính phủ bổ sung khoản 1b sau khoản 1 Điều 4 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP. Theo đó, doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã mua các sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường, khi bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khác, thì không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT nhưng được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Quy định này làm rõ chính sách thuế GTGT ở khâu kinh doanh thương mại giữa các pháp nhân, giúp bảo đảm tính liên thông của cơ chế khấu trừ thuế và giảm thủ tục hành chính, chi phí tuân thủ cho doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp.

Bên cạnh trường hợp không phải kê khai, nộp thuế, Nghị định số 359/2025/NĐ-CP cũng quy định cụ thể cách tính thuế GTGT đối với các tình huống cụ thể trong thực tiễn.

Theo đó, doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, khi bán các sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khác ở khâu kinh doanh thương mại thì không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.

Trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế bán sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho các đối tượng như hộ, cá nhân sản xuất, kinh doanh và các tổ chức, cá nhân khác thì phải tính thuế giá trị gia tăng theo mức thuế suất 5% quy định tại khoản 3 Điều 19 Nghị định này.

Hộ, cá nhân sản xuất kinh doanh, doanh nghiệp, hợp tác xã và các tổ chức kinh tế khác nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp, khi bán các sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường ở khâu kinh doanh thương mại, thì thuế GTGT phải nộp theo doanh thu bằng 1% doanh thu.

Việc phân định rõ các trường hợp này giúp thống nhất cách áp dụng chính sách thuế, hạn chế rủi ro sai sót cho người nộp thuế.

Bãi bỏ quy định về hoàn thuế, tháo gỡ “điểm nghẽn”

Một điểm mới quan trọng khác của Nghị định số 359/2025/NĐ-CP là bãi bỏ khoản 3 Điều 37 và khoản 3 Điều 39 của Nghị định số 181/2025/NĐ-CP. Đây là các quy định liên quan đến điều kiện hoàn thuế GTGT, trong đó trước đây yêu cầu người bán phải kê khai, nộp thuế GTGT thì người mua mới được hoàn thuế.

Theo quy định mới, đối với cơ sở kinh doanh đã nộp hồ sơ hoàn thuế và được cơ quan thuế tiếp nhận trước ngày 1/1/2026, nhưng chưa ban hành quyết định hoàn thuế hoặc quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu NSNN, thì không phải đáp ứng điều kiện người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT theo quy định đối với các hóa đơn đã xuất cho cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế.

Quy định chuyển tiếp này được đánh giá là giải quyết vướng mắc lớn trong thực tiễn hoàn thuế, bảo đảm phù hợp với Luật thuế GTGT số 48/2024/QH15 và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT.

Theo Bộ Tài chính, cơ quan chủ trì soạn thảo, việc sửa đổi, bổ sung Nghị định số 181/2025/NĐ-CP nhằm quy định rõ ràng, minh bạch các trường hợp: đối tượng không chịu thuế, đối tượng chịu thuế suất 5%, đối tượng không phải kê khai, tính nộp thuế và đối tượng áp dụng phương pháp tính trực tiếp đối với sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường.

Nghị định số 359/2025/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 1/1/2026 được kỳ vọng sẽ giảm áp lực tuân thủ, tháo gỡ “điểm nghẽn”, giải quyết vướng mắc, bất cập trong hoàn thuế GTGT.