Hải quan thắt chặt quy trình kiểm tra sau thông quan năm 2026

Năm 2026, Hải quan chính thức siết chặt quy trình kiểm tra sau thông quan theo Quyết định 2123/QĐ-CHQ, chuyển trọng tâm từ kiểm tra hồ sơ sang đối soát dữ liệu tổng thể bằng công nghệ và quản lý rủi ro. Doanh nghiệp không chỉ đối mặt với tần suất hậu kiểm cao hơn mà còn bị kiểm tra sâu vào báo cáo quyết toán (BCQT), mã HS, trị giá và xuất xứ (C/O) trong nhiều năm.

Trong bối cảnh đó, việc hiểu đúng quy trình và chủ động rà soát dữ liệu ngay từ đầu là yếu tố quyết định để tránh truy thu, xử phạt và gián đoạn hoạt động xuất nhập khẩu.

Hoa Nam Logistics hiện đang hỗ trợ doanh nghiệp tra soát BCQT, kiểm soát rủi ro và chuẩn hóa dữ liệu trước khi bị hậu kiểm, giúp hạn chế tối đa nguy cơ bị kiểm tra chuyên sâu và truy thu thuế.

Các quy định mới về kiểm tra sau thông quan được đẩy mạnh (ảnh minh họa)

1. Đổi mới quy trình kiểm tra sau thông quan chuyên nghiệp hơn

Trong giai đoạn 2025–2026, Hải quan đẩy mạnh ứng dụng công nghệ và quản lý rủi ro vào kiểm tra sau thông quan, thay vì kiểm tra thủ công như trước đây. Việc siết chặt không chỉ nằm ở số lượng mà nằm ở độ chính xác và khả năng phát hiện sai lệch dữ liệu.

• Hệ thống đối soát thông minh: Ứng dụng công nghệ để so sánh chéo giữa tờ khai, BCQT và dữ liệu thuế nội địa
• Siết chặt kiểm tra xuất xứ (C/O): Tăng cường kiểm soát trong bối cảnh thực thi sâu các FTA như EVFTA, CPTPP
• Tăng hậu kiểm tại doanh nghiệp: Kiểm tra trực tiếp nhà máy, dây chuyền sản xuất và định mức thực tế
• Rà soát dữ liệu nhiều năm: Có thể truy ngược sai lệch trong thời gian lên đến 5 năm

Đặc biệt, Quyết định 2123/QĐ-CHQ (áp dụng từ 01/02/2026) đã chuẩn hóa toàn bộ quy trình kiểm tra sau thông quan, quy định rõ trách nhiệm, thời hạn và trình tự xử lý nhằm đồng bộ toàn hệ thống Hải quan.

2. Cập nhật quy trình kiểm tra sau thông quan theo quyết định 2123

Theo Quyết định 2123/QĐ-CHQ, quy trình kiểm tra sau thông quan được phân tách rõ giữa hai hình thức: kiểm tra tại cơ quan Hải quan và kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp.

2.1. Kiểm tra tại trụ sở cơ quan hải quan

Tại điều 10, kiểm tra sau thông quan tại trụ sở cơ quan hải quan thuộc chương II quy định quy trình kiểm tra gồm 08 bước sau:

• Bước 1: Đề xuất kiểm tra
• Bước 2: Phê duyệt và ban hành quyết định
• Bước 3: Xây dựng kế hoạch kiểm tra
• Bước 4: Tiến hành kiểm tra
• Bước 5: Báo cáo kết quả (trong 03 ngày làm việc)
• Bước 6: Thông báo kết quả (trong 05 ngày)
• Bước 7: Rà soát vi phạm tương tự (tối đa 05 năm)
• Bước 8: Xử lý kết quả kiểm tra

Kiểm tra tại trụ sở người khai hải quan (Ảnh minh họa)

2.2. Kiểm tra tại trụ sở người khai hải quan

Tại điều 11, kiểm tra sau thông quan tại trụ sở người khai hải quan thuộc chương III quy định quy trình kiểm tra gồm 09 bước sau:

• Bước 1: Đề xuất kiểm tra
• Bước 2: Ban hành quyết định kiểm tra
• Bước 3: Lập kế hoạch kiểm tra
• Bước 4: Tiến hành kiểm tra tại doanh nghiệp
• Bước 5: Báo cáo kết quả
• Bước 6: Dự thảo kết luận kiểm tra
• Bước 7: Doanh nghiệp giải trình (trong 10 ngày)
• Bước 8: Kết luận kiểm tra
• Bước 9: Xử lý kết quả

Trong năm 2026, hình thức kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp được áp dụng nhiều hơn, do cho phép đối chiếu trực tiếp giữa hồ sơ và thực tế sản xuất.

3. Một số sai sót trong báo cáo quyết toán dẫn đến “hậu kiểm”

Trên thực tế, phần lớn doanh nghiệp bị kiểm tra sau thông quan không xuất phát từ hành vi gian lận, mà từ những sai lệch nhỏ trong dữ liệu BCQT tích lũy qua nhiều kỳ. Khi hệ thống Hải quan đối soát tự động, các sai lệch này nhanh chóng trở thành tín hiệu rủi ro.

• Chênh lệch nhập - xuất - tồn giữa BCQT và thực tế: Số liệu tồn kho trên báo cáo không khớp với thực tế sản xuất, đặc biệt là âm tồn, tồn ảo hoặc lệch theo từng mã nguyên phụ liệu. Đây là dấu hiệu rủi ro cao khiến Hải quan ưu tiên hậu kiểm tại trụ sở doanh nghiệp.
• Sai định mức tiêu hao so với quy trình sản xuất thực tế: Định mức khai báo không phản ánh đúng tỷ lệ hao hụt, tái sử dụng, bán thành phẩm hoặc phế liệu. Khi Hải quan xuống nhà máy đối chiếu, sự khác biệt giữa định mức trên giấy và dây chuyền thực tế rất dễ bị phát hiện.
• Không nhất quán giữa BCQT và dữ liệu thuế nội địa: Doanh thu, chi phí, giá vốn trên báo cáo thuế không khớp với số liệu nhập - xuất nguyên liệu trong BCQT. Việc lệch dữ liệu giữa hai hệ thống là nguyên nhân phổ biến khiến doanh nghiệp bị đưa vào diện kiểm tra chuyên sâu.
• Sai sót liên quan đến xuất xứ và ưu đãi thuế: Doanh nghiệp hưởng ưu đãi FTA nhưng không kiểm soát được tỷ lệ nội địa hóa, nguồn gốc nguyên liệu hoặc không lưu trữ đầy đủ hồ sơ chứng minh. Khi bị hậu kiểm, rủi ro truy thu thuế và bác ưu đãi là rất lớn.
• BCQT nộp đúng hạn nhưng thiếu soát xét trước: Nhiều doanh nghiệp coi việc nộp BCQT là thủ tục hành chính bắt buộc, không thực hiện tra soát trước khi nộp. Sai sót chỉ được phát hiện khi đoàn hậu kiểm vào làm việc, lúc này chi phí xử lý và rủi ro pháp lý đã tăng cao.

Những lỗi này nếu không được kiểm soát sớm có thể dẫn đến truy thu thuế nhiều năm và bị đưa vào diện kiểm tra chuyên sâu.

Phần lớn các cuộc kiểm tra sau thông quan xuất phát từ những sai lệch nhỏ 

4. Giải pháp dành cho các doanh nghiệp

Trước xu hướng siết chặt kiểm tra sau thông quan năm 2026, doanh nghiệp cần chuyển từ xử lý bị động sang chủ động kiểm soát rủi ro ngay từ đầu.

1. Tra soát BCQT trước khi nộp để phát hiện rủi ro sớm: Doanh nghiệp cần rà soát toàn bộ chuỗi nhập - xuất - tồn, định mức, mã HS, trị giá và dữ liệu thuế nội địa nhằm phát hiện các chênh lệch có thể bị hệ thống Hải quan gắn cờ. Việc tra soát độc lập trước nộp giúp giảm đáng kể nguy cơ bị đưa vào diện hậu kiểm chuyên sâu.
2. Chuẩn hóa BCQT theo dữ liệu thực tế sản xuất, không chỉ theo sổ sách: BCQT cần phản ánh đúng vận hành tại nhà máy: quy trình sản xuất, tỷ lệ hao hụt, phế liệu, bán thành phẩm. Trong bối cảnh Hải quan tăng cường hậu kiểm tại trụ sở doanh nghiệp, việc “đúng trên giấy nhưng lệch ngoài thực tế” là rủi ro lớn nhất.
3. Rà soát hồ sơ xuất xứ và điều kiện hưởng ưu đãi FTA: Doanh nghiệp đã và đang hưởng ưu đãi thuế cần kiểm tra lại tính nhất quán giữa C/O, nguồn nguyên liệu, định mức và BCQT. Đây là nhóm nội dung thường bị truy ngược nhiều năm trong các cuộc hậu kiểm 2026.
4. Nâng cao năng lực nội bộ về BCQT và hậu kiểm: Việc đào tạo đội ngũ XNK - kế toán - sản xuất giúp doanh nghiệp hiểu rõ bản chất BCQT, nhận diện sớm sai sót và chủ động xử lý trước khi cơ quan Hải quan vào cuộc. Với các doanh nghiệp chưa đủ nguồn lực hoặc nguồn lực sẵn có chưa đủ chuyên sâu, việc đăng ký tham gia đào tạo BCQT thực hành giải pháp tối ưu để giảm rủi ro hệ thống.
5. Sử dụng dịch vụ tra soát hoặc làm BCQT chuyên sâu khi cần thiết: Doanh nghiệp muốn tối ưu nên ưu tiên sử dụng dịch vụ làm BCQT trọn gói của các đơn vị uy tín, có kinh nghiệm chuyên sâu bên ngoài nhằm đảm bảo độ chính xác của báo cáo cũng như kiểm soát rủi ro trước khi bị hậu kiểm, thay vì xử lý bị động khi Hải quan đã vào làm việc.

Năm 2026 đánh dấu giai đoạn kiểm tra sau thông quan được thực hiện chuyên sâu dựa trên dữ liệu và thực tế sản xuất. Doanh nghiệp không chuẩn hóa BCQT và kiểm soát rủi ro từ sớm sẽ dễ bị truy thu và gián đoạn hoạt động.

Hoa Nam Logistics cung cấp dịch vụ tra soát và tư vấn BCQT chuyên sâu, giúp doanh nghiệp phát hiện sai lệch trước khi Hải quan kiểm tra, chuẩn hóa dữ liệu theo thực tế và giảm thiểu tối đa nguy cơ truy thu, xử phạt.

Liên hệ ngay Hotline (24/7): 0948.688.692  của Hoa Nam  để các chuyên viên xuất nhập khẩu giàu kinh nghiệm của chúng tối tư vấn, hỗ trợ doanh nghiệp bạn chủ động rà soát, chuẩn hóa dữ liệu và xây dựng hệ thống kiểm soát nội bộ là giải pháp bền vững để thích ứng với xu hướng hậu kiểm ngày càng siết chặt.